Moratti 1995 februárjában vette át a csapat irányítását, elnöklése alatt tíz nagyszerű edző (Ottavio Bianchi, Luis Suárez, Roy Hodgson, Luigi Simoni, Mircea Lucescu, Luciano Castellini, újra Roy Hodgson, Marcello Lippi, Marco Tardelli, Hector Cúper, Alberto Zaccheroni) és rengeteg kiváló játékos (Ronaldo, Roberto Baggio, Roberto Carlos, Javier Zanetti, Christian Vieri, Fabio Cannavaro, hogy csak a legnagyobbakat említsük) fordult meg a csapatnál. Ez alatt a kilenc év alatt azonban az Inter csak egyetlen jelentős trófeát tudott nyerni, méghozzá 1998-ban az UEFA-kupát. A hőn áhított scudetto megszerzése (1989 után ismét) nem sikerült neki, pedig többször is már csak a célszalagot kellett volna átszakítania a csapatnak.

Legközelebb a 2001-2002-es szezonban jártak hozzá, 2002. május 5-e alighanem Moratti életének egyik legszomorúbb napja volt. Az utolsó fordulóig az élen áll a csapat, akkor azonban a Lazióhoz látogattak, a Stadio Olimpicóba. Tudva, hogy a Juventus nyert Udinében, győznie kellett (volna) a csapatnak a bajnoki címhez, döntetlen esetén pedig külön mérkőzést vívtak volna a torinóiakkal a bajnoki címért. Ehelyett 4-2-es vereséget szenvedtek Rómában, köszönhetően elsősorban a kétszer is beköszönő cseh Karel Poborskynak. (A Juve viszont nyert Udinében, és ezzel megszerezte története 26. bajnoki címét).