A Boca-nevelésű fiatal, erőteljes hátvédet Carlos Bianchi fedezte fel s vitte fel a nagyok közé 2000-ben. Nagyon jól felmérte már a kvalitásait, hiszen nem sokkal ezután a Boca fiataljaként (juniors...) már junior-világbajnoknak mondhatta magát. A nagy orráról és hatalmas aranygyűjteményéről közismert tréner nagyon jól választott, hiszen azonnal alapember lett Nicola a Newell's Old Boys elleni februári bemutatkozása után, majd nemsokára első gólját is megszerezte a Racing ellen. Közben a klubbal óriási sorozatba kezdett: a genovaiakkal háromszoros bajnok és Copa-győztes lett, s kétszer a Világkupát és a bajnoki aranyat is hazavitték!

2004-ben már nem volt ilyen szerencséje: elveszítették a Copa döntőjét (a második meccsen ő egyenlített, de ezután kihagyta a tizenegyesét), majd nyáron 11-esekkel a brazilok ellen is a Copa Americát, kárpótlásként Athénban csereemberként olimpiai bajnok lett - s kinőtte a Boca-torkolatot: több nagycsapat is érdeklődött iránta, ő az Intert választotta. 3.5 millió eurót fizetett érte, s Materazzi formahanyatlása és Cannavaro távozása miatt sokan a kezdőcsapatba jósolták őt, ám Mancini hiába szavazott bizalmat neki, Andrés nem tudott élni vele.